조선시대에 절을 크게 중창한 이는 행호 극유(幸浩克乳) 스님이다. 1472년(성종 3) 선운산의 한 암자에 머물며 수도하고 있던 행호스님은, 구층 석탑만이 외롭게 남은 채 폐허화된 선운사를 보고 안타까이 여겨 중창을 발원하였다. 이듬해(1473년) 제자 종념(終念) 스님과 함께 상경하여 성종의 작은아버지 덕원군(德源君)에게 중창의 뜻을 밝히고 도움을 청하자, 덕원군은 재물과 함께 직접 원문(願文)을 써주었다. 이에 나주 보을정도(寶乙丁島)에 가서 재목 1천여 그루를 구하고 봄부터 가을까지 기와 20여 가마를 구워, 1474년 가을에 2층의 장륙전(丈六殿)과 관음전(觀音殿)을 완공하였으며 이듬해 봄에는 선왕(先王)의 영혼을 추모하는 수륙재(水陸齋)를 크게 열었다. 1476년에는 천불대광명전(千佛大光明殿)을 조성하였고, 1481년에는 모든 건물의 단청을 마쳤을 뿐만 아니라 지장전(地藏殿)ㆍ동상실(東上室)ㆍ금당(金堂)ㆍ능인전(能仁殿)을 짓고 영산회(靈山會) 등 53불회탱(五十三佛會幀)을 조성하였다. 이와 같이 10여 년에 걸친 극유스님의 중창불사로 인해 선운사는 옛 모습을 되찾아, 숭유억불의 조선사회에서도 왕실의 원찰(願刹)로서 법등(法燈)을 환히 밝히게 되었다. 그러나 100여 년이 지난 1597년(선조 3)의 정유재란 때 어실(御室)을 제외한 모든 건물이 불에 타서 잿더미로 변하고 말았다. 이후 1608년(광해군 즉위년)부터 2년간 승려 수십 명이 근근이 선방과 요사를 마련하고, 수년 동안 힘을 모아 법당 3칸을 지었다.

이러한 사정을 안타까이 여기고 있던 무장현감 송석조(宋碩祚)가, 선운사의 어실은 왕실의 재(齋)를 여는 곳이었으므로 나라의 도움을 얻을 수 있으리라 생각하여 1613년(광해군 5) 봄 일관(一寬) 스님에게 중창을 의논하였다. 이에 일관스님은 원준(元俊) 스님과 힘을 합하여 수많은 집을 돌며 시주를 모으고, 어실을 구실삼아 도백(道伯)으로부터 고창 문수산의 재목을 얻어 보전(寶殿) 5칸을 세운 다음, 상하 누각과 동서 양실(兩室)을 건립하였다.
곧이어 법당ㆍ천불전ㆍ지장전ㆍ능인전 등을 창건하여 1619년까지 6년에 걸쳐 사찰의 골격을 갖추게 되었다. 이후로도 일관ㆍ원준스님 등의 뜻을 이어받은 스님들에 의해 중수와 중건이 계속되어 1620년에 정문ㆍ향운각(香雲閣)과 1624년에 천왕문(天王門)을 세우고 1634년 법당에 삼존상을 조성ㆍ봉안하였으며, 1658년에 시왕전(十王殿), 1659년에 해납료(海納寮)ㆍ삼선료(三仙寮), 1676년에 약사전(藥師殿), 1677년에 나한전(羅漢殿), 1678년에 극락전(極樂殿), 1682년에 칠성료(七星寮)ㆍ청심료(淸心寮), 1691년에 대승전(大乘殿) 등을 창건하였다.
이 무렵 절에서 수행하던 대중은 무려 260여 명에 달하여 당시 사찰의 규모와 위세를 짐작할 수 있다. 이어 1693년에 동운암(東雲庵)을 창건하고 1699년에 미륵전(彌勒殿), 1705년에 관음전ㆍ양계료(養鷄寮)ㆍ양봉료(養鳳寮), 1706년에 팔상전(八相殿), 1709년에 한산전, 1713년에 장육전 등을 창건하였다.

선운사에서는 특히 걸출한 고승대덕(高僧大德)들이 많이 배출되어 사격(寺格)을 드높였다. 조선 후기 화엄학의 발전에 큰 발자취를 남긴 설파 상언(雪坡尙彦) 스님과 선문(禪門)의 중흥주로 추앙받는 백파 긍선(白坡亘琁) 스님을 비롯하여, 구한말의 청정율사 환응 탄영(幻應坦泳) 스님, 근대불교의 선구자 박한영(朴漢永) 스님 등이 선운사에서 수행하면서 당대의 불교를 이끌어갔던 것이다. 현존하는 전각은 대웅보전과 관음전ㆍ영산전ㆍ팔상전ㆍ명부전ㆍ산신각ㆍ만세루ㆍ천왕문이 있고, 대웅보전 앞에는 6층 석탑과 괘불대ㆍ당간지주ㆍ석주 등이 있으며, 산내암자로는 참당암(懺堂庵)ㆍ도솔암(兜率庵)ㆍ동운암(東雲庵)ㆍ석상암(石上庵) 등 네 곳이 있다.

선운사 대웅보전은 보물 제290호로 지정되어 있고, 영산전목조삼존불상ㆍ육층석탑ㆍ범종ㆍ만세루ㆍ백파율사비 등이 지방문화재로 등록되어 있으며, 이외에도 사내에 있는 선운사박물관에는 금동지장보살좌상(보물279호)을 비롯한 고려불상, 조선시대 탱화, 『석씨원류』ㆍ『선운사사적기』 등 문화재가 전시되어 있으며, 경내의 동백나무숲ㆍ장사송ㆍ송악은 천연기념물로 지정되어 있다.