당시까지 중국의 청량(淸凉)이 지은 『대방광불화엄경수소연의초 大方廣佛華嚴經隨疏演義抄』 90권이 우리나라 화엄학 연구의 지침서가 되고 있었는데, 내용이 너무 방대하고 어렵게 쓰여 있어 공부하는 이에 따라 잘못 이해할 가능성이 컸다. 이에 스님은 일일이 주석을 달고 알기 쉽게 분류한 『청량초적결은과 淸凉抄摘抉隱科』를 펴냄으로써 후학의 길잡이가 되도록 하였다.
또한 『화엄경』의 여러 판본들의 차이점을 보유(補遺)하고자 해인사에 있는 모든 판본들을 합하여 80권본의 정본을 만든 뒤 낙안의 징광사(澄光寺)에 봉안하였다. 그 뒤 금강산ㆍ묘향산ㆍ두류산 등지에 머물면서 참선에 힘을 기울여 교와 선을 함께 닦았다.

1770년 징광사에 불이 나서 화엄판목이 모두 불에 타서 없어지자 구송(口誦)으로 과거에 이루었던 80권본을 다시 판각하게 하였으며, 이를 영각사(靈覺寺)에 경판각을 짓고 봉안하였다. 만년에는 매일 1만 편씩 염불하기를 10여 년 동안 계속하였고, 1790년 12월에 병세를 보이다가 이듬해 1월 3일에 앉아서 입적하였다. 나이 85세, 법랍(法臘) 66세였다. 다비 후 제자들이 사리를 거두어 영원사와 선운사에 탑을 세웠다.

26세 때에 백양산 운문암(雲門庵)에서 강좌를 열어 대중 1백여 명에게 선강(禪講)을 한 뒤 20여 년 동안 후학들을 지도하였다. 1811년에는 "불법의 진실한 뜻이 문자에 있지 않고 도를 깨닫는 데 있는데도 스스로 법에 어긋한 말만을 늘어놓았다"고 참회한 뒤, 평안북도 초산 용문동으로 들어가서 5년 동안 수선결사운동(修禪結社運動)을 전개하였다. 그 뒤 다시 운문암에서 수도와 포교로써 선법을 현양하여 크게 이름을 떨쳤으며, 사람들이 '호남선백'이라고 불렀다. 이때 선의 지침서인 『선문수경 禪門手鏡』을 저술하였는데, 이 책은 당시 선사들 사이에서 일대 논쟁의 대상이 되었다.

1830년에 다시 구암사로 돌아와서 선강법회를 열어 후학들을 지도하였고, 1840년부터 화엄사(華嚴寺)의 선사영당 옆에 작은 암자를 짓고 좌선하다가 1852년 4월에 입적하였는데, 그때의 나이 86세, 법랍 74세였다.다비 후에 제자들이 구암사에 탑을 세우고 영정을 화장사(華藏寺)에 봉안했으며, 1858년에 추사 김정희(金正喜)가 찬한 비를 선운사에 세웠다. 법계는 휴정(休靜)의 4대파 중의 하나인 편양문파(鞭羊門派)에 속하며, 화엄사상과 선을 겸수하는 가풍을 지닌 지안(志安)의 문손으로서 법맥은 휴정-언기(彦機)-의심(義諶)-설제(雪霽)-지안(志安)-체정(體淨)-상언-회정-긍선으로 이어진다. 대표적인 제자로는 유형(有炯)ㆍ한성(翰醒)ㆍ정관(正觀) 등이 있다. 율과 화엄과 선의 정수를 모두 갖춘 거장으로서, 평소에 교유가 깊었던 김정희는 초상화를 그린 뒤 그를 '해동의 달마(達磨)'라고 격찬하였다.
스님은 김정희, 초의(草衣) 선사 등과 선문의 요지에 대해 거침없는 상호토론을 벌여 근세 불교계의 가장 치열한 교리논쟁을 유발시킴으로써 당시 불교계에 신선한 충격을 주었으며, 이러한 논쟁은 이후로도 제자들에 의해 계속 이어졌다. 이처럼 한말의 격변기를 살면서 전통 선지를 재정립하여 산문(山門)을 충실히 지켜나가고자 힘쓴 대종장(大宗匠)의 면모를 읽을 수 있다.
저서로는 『정혜결사문 定慧結社文』ㆍ『선문수경』ㆍ『육조대사법보단경요해 六祖大師法寶壇經要解』 1권, 『선문염송사기 禪門拈頌私記』 5권, 『금강경팔해경 金剛經八解經』 1권, 『선요기 禪要記』 1권, 『작법구감 作法龜鑑』 2권, 문집인 『백파집』 4권 등이 있다.

21세에 장성 백양사(白羊寺)의 환응(幻應) 스님에게 4교(四敎)를 배우고, 선암사(仙巖寺)의 경운(擎雲) 스님에게 대교(大敎)를 배운 뒤, 구암사(龜巖寺)에서 처명(處明) 스님의 법을 이어받았다. 1896년 구암사에서 개강한 뒤 해인사ㆍ법주사ㆍ백양사ㆍ화엄사ㆍ범어사 등지를 다니면서 법회를 크게 펼쳐 불경을 강의하였다. 1908년 쇠퇴한 불교를 혁신하려는 뜻을 품고 상경하여 불교개혁운동에 힘을 기울였으며, 1911년 해인사 주지 이회광(李晦光)이 일본 조동종(曹洞宗)과 우리나라 불교와의 연합을 꾀하였을 때, 한용운(韓龍雲)ㆍ성월(惺月)ㆍ진응(震應)ㆍ금봉(錦峯) 스님 등과 함께 한국의 불교전통은 임제종(臨濟宗)임을 내세워 연합조약을 무효화시켰다.

1913년에는 『해동불교 海東佛敎』를 창간하여 불교유신을 주장하고 불교인의 자각을 촉구하였다. 1914년에는 고등불교강숙(高等佛敎講塾), 1916년에는 불교중앙학림(佛敎中央學林)의 강사로서 후진 양성에 힘을 쏟았고, 1926년 서울 안암동 개운사(開運寺)에 선불장(禪佛場)이라는 강원을 개설하여 불교계의 영재들을 배출하였다.
1929년 조선불교 교정(敎正)에 취임하여 종단을 이끌었으며, 1931년에는 동국대학교의 전신인 불교전문학교 교장으로 선임되었다. 광복 이후 조선불교중앙총무원회의 초대 교정으로 선출되어 불교계를 이끌다가 만년에 정읍 내장사(內藏寺)에서 노년을 보내다가 입적하니 나이 79세, 법랍 61세였다. 금봉ㆍ진응스님과 함께 근대불교사의 3대 강백(講伯)으로 추앙받았다.
경사자집(經史子集)과 노장학설을 두루 섭렵하고 시와 문장에 뛰어난 대고승으로서의 면모뿐만 아니라, 불교계의 향방을 바로잡기 위해 거침없이 활동하는 실천적인 인물로서 평가받고 있다.
법맥은 상언(尙彦)-긍선(亘琁)-설두(雪竇)-설유(雪乳)-정호(鼎鎬)로 이어지며, 대표적인 제자는 운기 성원(雲起姓元) - 청담 순호(靑潭淳浩) - 운허 용하(耘虛龍夏) - 운성 승희(雲性昇熙) - 석문 남곡(石門南谷) - 청우 경운(聽雨景雲)등이다. 저서로는 『석전시초 石顚詩抄』ㆍ『석림수필 石林隨筆』ㆍ『석림초 石林抄』 등이 있다.